В 1895 году в чешском городе Млада-Болеслав механик Вацлав Лаурин и предприниматель Вацлав Клемент, оба увлечённые велосипедисты, создали компанию Laurin & Klement Co. для производства велосипедов под названием «Славия».
Дело пошло в гору, и к 1899 году Laurin & Klement Co. начала выпускать мотоциклы, которые через некоторое время одержали победы на международных соревнованиях.
Вскоре после в компании решили начат производство автомобилей. Первый автомобиль компании был выпущен в 1905 году и назывался Voiturette A. Машина хорошо продавалась и для дальнейшего роста и привлечения инвесторов в 1907 году компания Laurin & Klement Co. Была преобразована в акционерное общество.
До этих событий, в 1869 году, Эмиль Шкода, приобрёл небольшую фабрики техники Валленштейна-Вартенберга, в которой работал главным инженером. Он начал развивать своё дело, и в 1880-х годах фабрика уже представляла собой современное литейное и металлообрабатывающее предприятие, способное производить литье весом в десятки тонн.
Для дальнейшего расширения производства компании Laurin & Klement Co. Был необходим сильный партнёр. И 27 июня 1925 года компания вошла в состав предприятия Škoda Plzeň, крупнейшего на тот момент промышленного предприятия в регионе. Так появилась автомобилестроительная компания Skoda.
В период с 1925 по 1929 год было выпущено 2985 автомобилей марки. С середины 30-х до 1939 года компания, по мимо производства автомобилей, выпускала также лёгкий танк LT vz.35 собственной разработки. Всего было выпущено около 300 боевых машин, которые участвовали в боях против СССР, Франции и Польши. Во время немецкой оккупации Skoda выпускала и другую военную продукцию для нужд фашистской Германии. В 1945 году 70% мощностей предприятия были уничтожены в ходе бомбардировок союзников.
В послевоенный социалистический период развитие компании продолжалось. Появились новые модели: Felicia, Octavia, Spartak и Tudor. Однако, с началом 60-х годов западные автомобилестроительные компании стали развиваться существенно быстрее, и автопромышленность Чехословакии стала отставать от мирового автомобилестроения. Отставание удалось сократить лишь к концу 80-х, тогда же и вышла новая модель Skoda – Favorit.
Перемены в политике 1989 года вновь привели компанию к поиску сильного партнёра для поддержки технологиями и нвестициями. В качестве такого партнёра правительство Чехословакии выбрало концерн Volkswagen AG. В декабре 1991 года 31% компании Skoda Был продан концерну Volkswagen за 620 млн. марок. Skoda стала уже четвёртой маркой в концерне, к которому уже присоединились марки Volkswagen, Audi и SEAT.
В 1995 году доля Volkswagen в Skoda была увеличена до 70%, что обошлось концерну в 1,4 млрд. марок. А окончательный контроль над чешской компанией немцы получили в 2000 году, заплатив за это ещё 12,3 млрд. марок.
В результате вхождения Skoda в концерн Volkswagen в компании была произведена модернизация техническо-производственной базы. Появились обновлённые Felicia и Octavia, а также новые модели – компактная Fabia и флагман модельной линейки – Superb. В 2014 году появилась возрождённая модель Rapid, выступающая в сегменте бюджетных автомобилей класса В.
В 2017 году появился 7 местный кроссовер Skoa Kodiaq – первый семиместный автомобиль компании.